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主人公は、江戸生まれ江戸育ちの蘭方医の娘。
蘭方医の父が幕府お抱えの医師となり、京都に行ったきり連絡が取れなくなる。
父を捜しに京都を訪ね、そこで父の足跡を追ううちに事件に巻き込まれる。
少女がそこで見たのは、血に飢える化け物と化した新選組の隊士だった。
事件を目撃してしまった主人公は、新選組に捕らわれてしまう。
連れ去られた先で明らかになっていく事実。
目撃した新選組の化け物を創り出したのが他でもない主人公の父であった。
その父は現在行方がわからず、新選組もその行方を追っているのだという。
主人公は、行方不明の父を捜すために、新選組に籍を置き、協力して父を捜すことになる。
父の手がかりを捜すうちに、主人公の前に現れる謎の刺客たち。
だがその刺客は、新選組隊士と同じ不死の化け物であった。
幕府と倒幕を目指す西国諸国との争いの影で、新選組の闇の争いが始まる――。
